据冯军介绍，华旗十几年的发展表明，只有坚持技术、设计和应用等方面的创新，建立创新的一系列机制，才能保证公司整体创新环境的建立及企业长久发展。

    目前，爱国者已经成功建立了一个由多个分支机构组成、各有专长的研发中心，公司在最高管理层中设立了研发副总裁，负责研发中心统一管理，华旗现在的研发设计人员约500人，其中博士及海外归国技术人员占10%，硕士研究生占30%以上。

    1999年，华旗看准互联网等产业的发展机会，开始将产品方向朝大容量的移动硬盘转移。最初引进了1G硬盘，后来又开始自主研发5G和10G的硬盘。1999年11月，华旗爱国者5G硬盘上市后马上吸引了石油以及政府这些需要大容量存贮的专业机构采购，这些部门的批量订货也让华旗看到了自主创新的出路。

    推出自有品牌产品之后，华旗注重设计和应用领域的创新工作。这种集成外来技术进行整合创新的路径，造就了华旗在MP3领域的多个世界第一。USB移动存储技术和MP3播放芯片都不是华旗发明的，但华旗是全球第一家将二者结合并“扩容”原始MP3功能的企业；当彩屏MP3在海外市场出现后不久，华旗却在这个基础上推出享有自主专利的视频MP3、眼镜MP3、手表MP3。

    2004年，华旗数码研究院将研发800万像素数码相机列入产品规划时，一度为掌握在日本公司手中的镜头成像和CCD等数码技术专利所困扰。按照行业发展现状，国内任何数码相机提供商，都无法回避这些专利技术的困扰，解决问题的方式只有向这些专利掌控者们证明华旗的技术实力。

    2004年7月，华旗研究院完成了水印和数码成像技术第一期集成方案，围绕该方案华旗研究院拥有12项发明专利和3项软件著作权。经过漫长的谈判，华旗终于实现了与日本相关厂商的专利共享，华旗才有了可以说是中国人自己的800万像素数码相机。

    “我们要塑造一个集研发、推广、服务为一体的新华旗，它将成为一个在任何所从事的领域都数一数二的企业，它将成为一个在任何时候都让国人骄傲的名字。”冯军说，“我们要将爱国者建设成为令国人骄傲的国际品牌。”