（二）从实际出发，建立起切实有效的内部控制制度
小企业内部控制应贯穿于整个企业的生产经营管理全过程，包括采购、生产经营、销售、财务管理、研究开发、人力资源等各个方面。
1、重点解决企业内不相容职务分离问题
不相容职务分离指对不相容职务分别由不同部门或人员来办理。不相容职务主要包括：授权批准与业务经办、业务经办与会计记录、会计记录与财产保管、业务经办与稽核检查、授权批准与监督检查等。
企业在设计、建立内部控制制度时，首先应确定哪些岗位和职务是不相容的；其次要明确规定各个机构和岗位的职责权限，使不相容岗位和职务之间能够相互监督、相互制约，形成有效的制衡机制。如前所述，小企业因其规模和人数的特殊性，无法做到专职专人负责，所以加强不相容职务分离控制，增加岗位设置的牵制性就显得特别重要。例如，明确企业重大事项的决策程序，坚持按公司、企业章程办事，防止个别人个人说了算；明确授权制度，对各个岗位要有明确的授权，各个职能岗位在授权范围内履行职责；明确出纳人员不得兼任稽核、会计档案的保管和收入、支出、债权债务账目的登记工作；企业财务专用章与法人代表私章由不同人员管理；财务专用章与银行支票应由会计、出纳人员分别保管；明确记账人员与经济业务事项和会计事项的审批人员、经办人员、财物保管人员的职责权限，使之相互分离，相互制约；在正常情况下处理每项经济业务全过程或者全过程的某几个重要环节都规定要有两个或两个以上部门，两个或两个以上工作人员介入负责，起到互相制约的作用。如汇出一笔采购货款,规定要由采购经办人填写清款单,供应计划员(或供应部门负责人)审查清款数额、内容及收款单是否符合合同和计划,会计人员审核清款单的内容并核对采购预算后,编制付款凭证,最后由出纳员凭着手续完整的付款凭证办理汇款结算(出纳员开出汇款结算凭证,还要通过会计人员审核),整个过程要四人分工负责处理，从而达到相互牵制的目的。
2、内部控制制度的设计要考虑成本效益问题
任何控制行为都会发生一定的费用，同时，任何控制由于纠正了组织活动中存在的偏差，都会带来一定的收益。从经济角度分析只有当内控行为带来的收益大于所发生的费用成本时，才是值得的。
小企业因规模大小不同，在控制系统上所能承担的费用也不一样，应根据实际需要，实施不同的内部控制制度。企业要合理地测算出控制成本和企业利润的关系，在最大程度地发挥内控作用的同时，最大程度地降低成本，即效果最大化，成本最小化。这就要求内控必须在全面的基础上，既要重点地进行控制，又要提高人员素质和技术，做到高效率运作，低成本支出，使企业在各个方面都能良性发展。因此，小企业的管理者要结合企业发展实际，充分考虑企业的性质、规模、生产工艺过程、管理模式等内容，努力在实践中探寻出一个内控效果与内控成本相对合理的结构比例，构建一个简单有效的控制系统，以防止错误和弊端的发生，提高办事效率，实现最佳经营成果。
3、加强对内部控制制度实施情况的监查与考核力度，并建立有效的激励机制
为了保证企业内部控制制度能有效的发挥作用，并使之不断地得到完善，企业必须定期对内部控制制度的执行情况进行检查与考核，看企业内部控制制度是否得到有效遵循，执行中有何成绩，出现了什么问题，还可以通过会计师事务所等会计中介咨询机构对本企业内部控制制度进行符合性测试，了解本企业内部控制中的不足，有针对性的加以改进，纠正内部控制中存在的缺陷、进而改进机制，使企业内部管理制度充分发挥监控效力。
企业内部管理制度是企业管理的基础，只有严格按照制度办事，做到一视同仁，奖惩明确，考核到位，善始善终，才能使内控走向制度化、规范化的轨道。企业内部管理制度本身又是一种监督制度，不但要对企业经营进行监督控制，还需对内控部门本身实施再监督，只有这样才能使内控真正发挥作用。对于严格执行内部控制制度的，给予精神鼓励和物质奖励；对于违规违章的，坚决给予行政处分和经济处罚，并与职务升降、薪金相联系。只有做到压力与动力相结合，才能最终实现内部控制的目的，把经营风险降到最低，就能促进整个企业健康、持续、快速发展。
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