由于管理模式的不同，在一定程度上决定其内部治理制度的差异。

    一般地，公司型创业投资基金存在两种不同的管理模式：一是自我管理型模式，二是委托管理型模式。

    自我管理型模式即创业投资公司既设董事会，又设专业管理团队，自行管理投资公司的资产及投资经营业务，并在公司内部实行授权经营的机制，即董事会行使法人财产所有权和重大事项的决策权和监督权，被聘用的管理团队即经营班子由董事会授权负责投资管理的日常活动。目前中国设立的本土创业投资企业普遍实行自我管理模式。它们均依照现行《公司法》设立并开展投资经营运作活动。这是由于中国创业投资业尚处于发展初期，相关法律制度缺位，投资经理人市场尚未形成，委托代理风险很大，对专业管理人市场声誉机制的激励和约束效力还远不能充分发挥等，因此，为了吸引投资者投资入股设立创业投资企业，必须特别强调“投资者主权”的原则，尽管投资者作为股东并不完全熟悉创业投资业的特点。

    经过几年的实践，“自我管理型”创业投资已暴露出许多先天的弊端：董事会控制权太大，管理团队缺乏自主性和稳定性，由于出资人不甚懂得创业投资业务，在投资决策上存在盲目性，注重年度的短期投资回报，与项目投资长期性的创业投资基本特征相悖，尤其是在激励和约束方面缺乏一定的规范，存在较大的随意性，再加上对创业投资企业实行实收资本制和双重征税等。因此，为了创业投资企业的生存和为股东提供年度回报，管理团队不得不去投资那些短期之内有效益的非创业投资业业务（包括证券投资及其他债权投资等），减少甚至放弃对高成长性创业企业的投资。这种由制度缺陷所造成的中国本土创业投资业的潜在危机，如不从根本上解决，将迟早会爆发的。

    委托管理型模式。它的基本特征是创业投资（基金）公司不设经营管理团队，而是委托与之相独立的专业投资管理机构负责投资经营管理，双方签订具有法律效力的委托经营管理协议，从而实现管理团队的机构化，并通过量化业绩报酬和管理费等使激励和约束机制硬化。公司型创业投资基金委托管理运作机制的运作程序是：公司（基金）董事会委托独立的专业投资管理机构负责项目的选择、评估分析和提出投资建议书，报经公司（基金）董事会决策同意后，负责办理项目投资的具体事项和投资后管理，然后再提出投资处置建议书，报由公司（基金）董事会决策。公司（基金）法人财产的投资和收益主体均是创业投资公司本身，而不是受托的专业投资管理机构。台湾地区便是公司制创业投资基金实行委托管理模式的成功典范，它的经验非常值得我们借鉴。目前在中国注册设立的外资创业投资机构，几乎都将投资基金设在境外，实行委托管理模式，同时在中国境内设立投资管理操作平台，由于它们拥有资源和管理机制的优势，其竞争力很强，远非中国本土创业投资企业可以相比。

    这里还要补充说明一点，曾有一种说法，把创业投资（基金）公司委托管理关系视同于金融信托关系。其实这是一种误解。当我们深入对比研究美国的有限合伙制创业投资和台湾的公司制创业投资之后，便可彻底弄明白创业投资基金的委托管理是民法上所讲的委托———代理关系，而不是《信托法》所讲的“信托—受托”关系。因为在“信托—受托”关系中，财产所有权发生转移，而在“委托—代理”关系中，财产所有权并没有转移，而仅仅转移经营权，即创业投资基金只是将投资经营管理权转移给独立的专业投资管理机构。

    如果人为地将创业投资基金的委托代理制混同为信托制，并借口加强金融监管而反对推行创业投资基金的委托管理制，将会铸成历史的大错，中国创业投资业大发展的希望也将成为泡影。