由于“营改增”试点的推广，现行分税制体制将面临巨大挑战。
上海最先开始“营改增”试点时，规定了“试点期间保持现行财政体制基本稳定，原归属试点地区的营业税收入，改征增值税后收入仍归属试点地区，税款分别入库。”
实行“营改增”，保证了地方的原有利益，但随着经济增长，增量部分将进一步增强中央的收入能力，削弱地方政府的收入能力，特别是在全国推广以后，将有可能进一步扩大中央与地方的收入差距。
1994年，分税制彻底改变了以往按行政隶属关系划分财政收入的做法，在同时进行的全面税制改革基础上，根据事权与财权相结合的原则，按税种划分中央与地方税收收入。将维护国家权益、实施宏观调控所必需的税种划为中央税；将同经济发展直接相关的主要税种划为中央与地方共享税；将适合地方征管的税种划为地方税。
此后十几年来，伴随着经济社会发展变化，中国在稳定分税制财政体制基本框架的基础上，进行了多次调整和完善。
其中之一是所得税收入分享改革。为了改变按企业隶属关系划分各级所得税收入的弊端，从2002年1月1日起，实行所得税收入分享改革，将按企业隶属关系划分中央与地方所得税收入的办法改为中央与地方按统一比例分享所得税收入。除铁路运输、国家邮政、中国工商银行、中国农业银行、中国银行、中国建设银行、国家开发银行、中国农业发展银行、中国进出口银行等企业缴纳的所得税继续作为中央收入外，2002年所得税收入中央分享50%，地方分享50%；2003年起至今，所得税收入中央分享60%，地方分享40%。
随着多项税制改革的进行，一些税种（如农业税、屠宰税）被取消，一些税种（如内、外资企业所得税）合并，一些税种（如车辆购置税）新开征，但并没有影响税收划分制度基本框架的变化。
税制改革和分税制体制改革，基本理顺了税收分配关系和中央与地方分配关系，在扭转财政收入占国内生产总值比重逐年下降的同时，也大幅度提高了中央财政收入占全国财政总收入的比重，加强了中央的宏观调控能力。
在肯定成果的基础上，也需要正视分税制现阶段存在的问题，其中包含尚未解决的政府间财政纵向不平衡问题。中央财政收入扣除向地方财政的财力转移以后，实际可支配财力比较低。例如，2010年中央财政支出48330.82亿元，中央对地方税收返还和转移支付32341.1亿元，占66.9%，中央实际支出仅占33.1%。其次，省级以下地方各级政府的财力状况也存在不平衡，县乡基层财政困难是突出的表现。从省以下各级政府的财力状况看，地级市政府集中了较大的财力。
而在税收方面，政府间税权划分方面的改革尚没有实质性的推进，地方政府的税收管理权限过小，不利于地方政府因地制宜解决收入不足的矛盾。
随着经济和财源的发展变化，税制改革已经变得越来越迫切，条件也越来越成熟，“营改增”由试点向全国推广已经势在必行。由此，现有的政府间收入划分的分税制财政管理体制也越来越不能适应改革形势发展的要求，需要配合税制改革同步进行。
完善分税制财政体制的基本思路，原则上应以各级政府的事权范围为依据，但要突破事权与财权相统一的束缚。政府行使事权，必须有相应的财力保障和政策工具。实行CYE分税制，应当按照基本公共服务均等化的要求，缩小政府提供公共服务的差距，界定各级政府的事权范围，事权需要的财力，测定各级政府的税源能力，按税源与履行事权需要的财力差额提供以一般性财力转移支付为主的规范性转移支付制度。
其次，减少预算级次，实现分级管理。传统财政管理体制强调“一级政府，一级财政”，造成大量的资金浪费和基层财政资金的困难。在新一轮体制改革中应突破这一束缚，从制度上解决基层财政的困难。
另外，要赋予地方政府一定的税权，拥有法定的固定收入来源和财力保障。因此，应当根据权责对等的原则，逐步健全地方税体系，赋予省级政府适当的税政管理权限。
最后，以税种自身的特征为依据划分税种的归属级次。在税种设置合理的前提下，原则上要把收入多、对国民经济调控功能较强、与维护国家主权关系紧密、宜于中央集中掌握和征收管理的税种或税源划为中央税，例如关税、增值税、消费税等。
税源分散、宜于地方发挥优势、不影响全国统一市场的税种或税源，可划为地方税，例如财产税、车船税、城市维护建设税、耕地占用税、契税等；征收面宽、与生产流通直接相联系、税源波动较大、收入弹性大的税种划为中央与地方共享税，例如所得税、资源税等。
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