实际控制人认定问题。根据未过会的北京福星晓程招股说明书显示，汉川市钢丝绳厂直接和福星生物医药间接持有的公司股份为41.97%，为公司实际控制人。问题是，福星晓程的主营业务是集成电路产品的生产与销售，实际控制人对公司业绩的提升没有明显作用。而公司第二大股东程毅作为总经理，全面负责公司经营管理工作，公司成立时的核心技术也是由程毅投入，因此市场猜测，程毅才是福星晓程真正的实际控制人，公司实际控制人认定不够准确。
管理层重大变动。创业板明确规定：“发行人最近两年内主管业务和董事、高级管理人员均没有发生重大变化，实际控制人没有发生变更。”被否决的天津三英焊业，2009年1月12日，两名董事朱树文、卢迅代替因工作变动辞职的李琦、覃西文进入董事会。此时距离公司申请上市不到一年，最终上市失败。
募投资金效益风险大
未过会的赛轮股份，招股说明书显示其募投资金投向之一是生产半钢子午线轮胎，并说明该产品80%用于出口，且北美市场占其出口总额的50%。但在赛轮股份上市的过程中，不曾料到2009年国际环境突变，美国政府宣布对产自中国的轮胎实施3年惩罚性关税，其募投项目未来的经济效益存在较大的不确定性。
这类风险还包括经营模式变化、项目可行性等，这些都需要企业给予全面的分析论证。如上海超日太阳能募投资金的投向是，将光伏电池片产能从现有的20兆瓦扩充至120兆瓦，增加幅度为5倍，同时电池组件产量增加1.82倍。但在2009年，光伏产业还未复苏，在国内也被认为是产能过剩行业，因此公司募投项目是否具有良好的市场前景和盈利能力都缺乏合理解释。
融资必要性不足也属于募投资金运用的问题。一般来说，企业能够自筹解决资金问题，就没有必要上市融资。如前文所述的福星等公司，申报材料时其账面显示资金充足，是“不差钱”的企业。这样的企业如果仓促上市，往往被怀疑为“上市圈钱”。
此外，募投项目与企业现有生产规模及管理能力不匹配，企业小马拉大车，则会存在较严重的匹配风险;某些投资项目手续不齐，不符合法律法规的要求，则存在一定的合规风险。
权属纠纷的不确定性
立立电子早在2007年就向证监会递交了IPO申请材料，于2008年3月5日通过发审会审核，5月6日获得IPO核准批文并完成资金募集。但是，立立电子的上市一直备受Cye社会质疑，被认为掏空另一公司浙大海纳资产并二次上市。证监会在接受举报后，调查发现立立电子在2002年部分股权交易程序上有瑕疵，存在权属纠纷的不确定性。
2009年4月3日，证监会发审委在会后事项发审委会议上撤销了立立电子IPO核准批复，并要求将全部募集资金连本带利退还投资者，开了证券市场IPO申请先批后撤的先例。
信息披露质量差
创业板首批上市公司神州泰岳曾在2008年冲击中小板未果，在2009年9月24日的网上路演中，神州泰岳董事长王宁对投资者表示，中小板未通过是因为“对审核所关心的问题理解不充分，回答陈述不够清楚，信息披露不够完整，导致委员有不同意见。但是公司本身不存在持续盈利能力及规范运作方面的问题”。
有不少拟上市企业，申请材料未按规定做好相关事项的信息披露。申请文件以及招股说明书准则是对信息披露的最低要求。由于投资者更看重企业未来的盈利能力，上市企业在信息披露时，应当坦诚相待，尤其是对投资决策有重大影响的信息，无论准则是否明确规定，申请人公司均应披露。否则，如果在发审委会议上被发审委委员当面指出问题要害，对上市过程的危害性反而更大。
在另一例个案中，某申请企业在成立之初设计了一套“动态股权结构体系”，把内部员工股东分为三档，股东每退一个档次，折让50%的股份给公司，作为公司的共有股权。为此，公司出现了股份代持和多次内部股权转让，但申请材料中对历次股权转让的原因披露不准确、不完整，且未披露股东代持的情形，上市最终失败。
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