一、不同连锁经营形式适用不同的会计核算方式
所谓连锁经营是指经营同类商品、使用统一服务标识的若干门店，在同一总部的管理下，采取统一采购、统一配送、统一服务标准、统一形象、统一运营系统等方式从事经营，实现规模效益的商业组织形式。连锁经营主要有直营连锁、特许连锁、自愿连锁等形式。
直营连锁是指由总部直接投资、服从总部绝对控制的分店、分公司、区域总部等构成的经营体系；在直营连锁体系中，总部对各门店的人、财、物及商流、物流、信息流等方面实施统一管理。特许连锁是以商业特许经营方式组建的连锁经营体系，它是指由拥有技术和管理经验的总部，指导传授连锁店各项经营的技术经验，并收取一定比例的权利金及指导费，此种契约关系即为特许连锁。自愿连锁是指在某一龙头企业的统率下，一些中小零售企业通过自愿加盟的方式组成的经营联合体，自愿加盟体系中，商品所有权是属于自愿连锁的店主所有，而系统运作技术及商店品牌的专有信息则归总部持有。
连锁经营企业的会计核算由于连锁经营企业的经营方式不同，其会计核算的方法也不相同。目前，依照连锁经营商业企业经营规模和经营范围的大小，可以分为统一核算和独立核算两种方式。
直营连锁形式下的连锁经营企业通常采用统一核算方式。总部（含集团公司或总公司）实行独立的、统一的会计核算，分店（含子公司、分公司）不单独进行会计核算，经营中发生的各项经营费用，均向总部报账核销，分店的所有账目必须并入总部或地区总部账目，同时分店应根据管理的需要设置必要的辅助账簿，并定期与总部或地区总部对账，分店所有的资产、负债和损益，都归总部或地区总部统一核算。
特许连锁和自愿连锁方式下的连锁经营企业通常采用独立核算方式。独立核算方式是指总部和分店都是独立核算的会计主体，独立设置会计机构分别进行核算，并各自独立编制会计报表的核算方法。特许连锁和自愿连锁方式下，由于总部不给分店投资，所以各分店不需要上缴利润，只需要向总部支付一定的特许权使用费，所以采用独立核算方式比较合适。
二、不同的会计核算方式适用不同的纳税处理方式
连锁经营商业企业涉及的大税种主要有增值税和企业所得税，但是国家对连锁经营企业的增值税和企业所得税纳税处理的相关规定一则极为有限，二则已出台的相关政策难以跟上连锁经营的迅猛发展。
对于连锁经营企业增值税的缴纳，新的增值税暂行条例颁布之后，国家有关部门还未出台相关规定。而在财政部、国家税务总局《关于连锁经营企业有关税收问题的通知》（财税[2003]1号）中规定，在省、自治区、直辖市、计划单列市内跨区域经营的统一核算的连锁企业，需要实行由总机构向其所在地主管税务机关统一申报缴纳增值税的，按照财政部、国家税务总局《关于连锁经营企业增值税纳税地点问题的通知》（财税字[1997]97号）的规定。财税字[1997]97号规定，直营连锁企业经税务机关会同财政部门审批同意，即可由总店向其所在地主管税务机关统一申报缴纳增值税。同一地区和城市的直营连锁企业，实行“总部——分店”管理模式。总部对分店的商品配送，作为内部移库处理，统一核算，统一申报缴纳增值税。跨地区经营的直营连锁企业，可在非总部所在地区或城市设置地区总部，实行“总部——地区总部——分店”的管理模式。总部对地区总部的商品配送，作为销售处理，由总部统一核算，统一向总部所在地主管税务机关申报、缴纳增值税。对自愿连锁和特许连锁企业，各门店独立核算，分别向所在地主管税务机关申报缴纳增值税。
对于连锁经营企业所得税的缴纳，财政部、国家税务总局《关于连锁经营企业有关税收问题的通知》（财税[2003]1号）规定，对省内跨区域设立的直营门店，由总部统一缴纳企业所得税，而对于自愿连锁和特许连锁，则由门店就地预缴。
由此可见，直营连锁和其他连锁形式在纳税方式上并不同，这是由于连锁方式不同而带来的管理和核算方式上的差异造成的。直营连锁采取由总部统一纳税，主要是因为门店与总部统一经营、联网销售、统一采购配送、统一核算，汇总纳税使得各门店的亏损互相弥补，尤其是在缴纳企业所得税时有利于企业汇总计算扣除标准，可以减轻整个企业的整体税负。而自愿连锁和特许连锁则不同，由于这两种连锁形式总店对门店的控制权弱，门店在会计上采用独立核算法，总店并不参与门店的经营，不分担门店的盈亏，只按合同收取加盟费或特许权使用费并给予技术支持，因此，采取由门店单独纳税的方式比较妥当。
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