三、连锁经营纳税处理方式存在的问题及改进建议
（一）直营连锁经营企业所得税纳税处理过于繁琐
根据《跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理暂行办法》（国税发[2008]28号）、《跨省市总分机构企业所得税分配及预算管理暂行办法》（财税[2008]10号）、《关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理若干问题的通知》（国税函[2009]221号）和《关于跨地区经营汇总纳税企业所得税征收管理有关问题的通知》（国税函[2008]747号）的有关规定，企业所得税实行“统一计算，分级管理，就地预缴，汇总清算，财政调库”的办法。之所以这样做，是考虑到Cye地区财政利益分配问题，连锁经营企业所得税（其他中央和地方共享税种亦如此）纳税地点直接影响到地方财政收入，为了平衡地方财政利益，才作出了上述纳税程序调整。但这一方法，对应当汇总纳税的直营连锁企业来说，相比增值税直接由总店纳税的简单程序，纳税程序不仅过程繁琐，而且计算复杂，会计核算工作量大，门店分布区域越多，涉及的税务和会计人员越多，增加了纳税人的纳税成本，征税效益极低。
（二）直营连锁经营企业内部调拨商品物资缴纳增值税的问题
根据《增值税暂行条例实施细则》规定，设有两个以上机构并实行统一核算的纳税人，将货物从一个机构移送其他机构用于销售的，视同销售货物，应当缴纳增值税，货物移送当天为纳税义务发生时间。
直营连锁由总店统一纳税，会计上由总店统一核算，货物由总店采购和配送，而门店一般不具有法人主体资格，只是作为总店的一个销售机构，另外，还会出现门店之间相互调拨货物余缺，向配送中心退回货物等情况，根据《增值税暂行条例实施细则》规定，直营连锁经营企业内部调拨商品物资应视同销售缴纳增值税，这些内部调拨商品的情况导致计算缴纳增值税非常复杂。同时由于内部一进一销单纯的配送并未使货物发生增值。为此，笔者建议，鉴于直营连锁经营的特殊性，对直营连锁经营企业内部调拨商品物资不缴纳增值税。
（三）跨国连锁企业缴税问题
对于外资在我国开设连锁企业的，《关于连锁经营企业有关税收问题的通知》（财税[2003]1号）明确了外资企业跨区域连锁经营的，不区分连锁形式，统一实行由总机构向其所在地税务机关统一缴纳企业所得税的方式。但是对自愿连锁和特许连锁的加盟连锁门店除了有外资品牌和管理背景之外，和其他内资特许连锁门店并没有任何区别，如果还是由总店统一纳税，笔者认为这一规定既不合理，也不现实，应比照独立核算方式下由各分店就地缴纳企业所得税。
对我国企业在境外设立分支机构的，境外机构已在所在地纳税，我国税法允许其在国内限额抵扣，但境外机构的亏损不得抵扣境内机构的所得额。企业所得税法为了避免企业变相转嫁境外亏损，采取了一律不得在境内扣除的办法，这样做实际上是提高了企业的税负。
鉴于上述问题，笔者建议相关部门应充分考虑到连锁经营形式的特点，适应连锁企业迅速发展的要求，加快出台相关的既有利于方便企业纳税，降低企业税负，又能最大程度防止企业逃避税款的专门税收规定，以促进连锁经营企业的发展，为国家创造更多的税收利益。
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